¿Qué ha pasado?
Intuitivamente has añadido piezas de fruta fresca y cruda que contienen mucha agua. Durante el proceso de cocción, esta agua se transformó en vapor por el calor, y este vapor, que no puede escapar, empujó la masa aún no cocida, y por tanto blanda, alrededor de cada pieza de fruta, y formó este hueco que los panaderos llaman "caverna". Una vez horneada la masa, la caverna permanece en su sitio, incluso al enfriarse, y por eso da este aspecto antiestético.
Esto ocurre en cuanto se añade algo que contenga agua a una masa, y es mucho más pronunciado cuando se trata de una masa leudada (brioche, pan, por o gracias a la red de gluten) o de hojaldre, y mucho menos en los pasteles de viaje (tarta, galletas, ...) que son más fáciles de vaporizar.
Esto también se aplica a los productos salados, por ejemplo, una salchicha en brioche tendría el mismo problema.

¿Cómo evitarlo?
Básicamente hay 2 soluciones: o bien se elimina/reduce el agua en primer lugar, o se hace algo para permitir que el vapor de la cocción salga.
Eliminar el agua, o al menos reducirla, es bastante sencillo, para la fruta fresca, por ejemplo, se cuece un poco antes. Por ejemplo, en el caso de las manzanas y las peras, con un poco de mantequilla y azúcar, puedes incluso caramelizarlas, lo que da un sabor completamente diferente (delicioso) a tu pastel.

Para una salchicha, el mismo tratamiento, ya sea al horno o escalfada antes de incorporarla.
Este es el secreto de unas salchichas brioche muy estéticas.

La galette des rois, por ejemplo, consiste en dos discos de hojaldre con crema en el centro, y en el centro de la galette se hace un pequeño agujero, la chimenea, para permitir la salida del vapor. Sin esta chimenea tendrá una especie de enorme campana de hojaldre en el horno, llena de espacio vacío.

Hay que tener en cuenta que para todo esto, nos preocupa más la estética y la sensación en boca, el sabor no se ve afectado.
Resumiendo: Para evitar la aparición de caries en sus pasteles, reduzca el agua que aportan sus plantillas o proporcione una salida al vapor generado durante la cocción.